En esta sección Link viaja a la superficie e ingresa a Sky Temple en busca de Zelda. Ahí encuentra a un estilizado y afeminado personaje que se hace llamar Lord Ghirahim, demonio de la superficie. Aquí inicia una aguerrida batalla entre los dos. En la primera fase, Ghirahim puede evadir casi todo espadazo de Link usando tan solo una mano. En al fase subsecuente, además se teletransporta atrás del héroe. Realmente es una batalla rápida y difícil, más tomando en cuenta que es de los primeros encuentro. Al final de la batalla el rival escapa.

Lo diferente de Skyword Sword es que aquí no terminará el templo. Luego de derrotar al jefe final de cada calabozo, todavía hay que idear como salir de ahí. Tiempo después se debe regresar a estar áreas para recolectar más accesorios e items que antes eran inalcanzables. Zelda adquiere un elemento estilo Metroid donde el backtracking es muy importante. Varias de las recompensas por tomarnos esta molestia son ingredientes para mejorar las armas e ítems.